Boubakari Mawoune est titulaire d’un Doctorat/Ph.D. en Histoire, option : histoire politique et culturelle, spécialité : histoire de l’Islam. Il a récemment soutenu sa thèse sur le « Pèlerinage musulman et société au Nord-Cameroun de la période coloniale à 2010 » à l'Université de Ngaoundéré (Cameroun). Ses travaux de recherches portent sur :

-L’Islam et les mutations politiques et socioculturelles ;
-Le pèlerinage musulman et les mutations politiques, économiques et socioculturelles. Il est membre du CODESRIA (Conseil pour le Développement de la Recherche en Sciences Sociales en Afrique) basée au Dakar au Sénégal et du Laboratoire Homme et Société à l’Université de Ngaoundéré.

Il a participé à plusieurs colloques internationaux :
- 2007 : Le 5e colloque international organisé par le CODFREURCOR, Les 21 défis du 21è siècle: sciences humaines et sociales, les 3 et 4 octobre 2017, Université d’État Ilia, Tbilissi, Géorgie ;
- 2014 : Le 7e Colloque international organisé par TMA for HSES sur : « Commerce et commerçants à travers l’histoire» Les 11, 12, 13 décembre 2014, Béja, Tunisie ;
- 2012 : L’Institut d’Etudes Afro-arabes, session inaugurale, organisé par le CODESRIA du 12 au 23 mars 2012 à Rabat au Maroc ;
- 2010 : Le Colloque international d’Oran en Algérie, organisé par le CRASC sur « Territoire saharien, gouvernance et identité », du 6, 7 et 8 décembre 2010 ;
- 2009 : L’atelier méthodologique sous régional sur les sciences sociales en Afrique, organisé par le CODESRIA à Yaoundé au Cameroun, du 15 au 19 juin 2009 ;

Il est auteur d’un article publié aux Annales de la FALSH de l’Université de Ngaoundéré en 2016 : « Réseaux commerciaux transnationaux, pèlerinage musulman et essor économique aux abords du Lac Tchad : cas du Nord-Cameroun », Université de Ngaoundéré, in Annales de la Faculté des Arts Lettres et Sciences Humaines, L’Harmattan, Vol. XVII-2016, pp. 209-227. Il possède plusieurs autres articles en cours de publication.